按 circRNA ID 搜索环状 RNA
在云序生物提供的 HTML 网页版报告当中，有提供 circRNA 的表达谱以及差异 circRNA 的表格。
更多可用于搜索的关键词
除了按照 circRNA ID搜索以外，circbase 的网页搜索还支持按照以下几类要素来搜索环状 RNA：（所有类型的关键词均无需区分大小写）
NCBI RefSeq transcript ID（例如“NM_027671”）；
基因名（例如“Pvt1”）；
基因组坐标（例如“chrII:123456-7891011”）；
Gene ontology 条目 ID（例如"GO:0017081"）；
DNA或RNA序列（通过网站首页上方标签栏当中的“blat”）。
需要注意的是，云序生物提供的表格当中，环状 RNA 的基因组坐标（第A列，CircRNAID）与 circbase 上的基因组坐标有细微的差别：
1.起始位置编号差异：circbase 网站上的基因组坐标的起始位置的编号，比云序生物提供的基因组坐标的起始位置的编号小1（-1）。例如下方截图当中绿色高亮的环状 RNA，在 circbase 上的起始位点编号是 5168779，而云序生物提供的起始位点编号是 5168780。
2.是否给出正负链信息：云序生物的表格当中，正负链信息以“+”和“-”附加于基因坐标位置的后方（例如下图当中绿色高亮标注的 chr14:55168780-55169298+），但 circbase 网站上则将正负链信息单列为一列（上方截图从左到右第 3列）。
搜索结果的查看和下载
circbase 网站的搜索结果，以表格形式呈现。仍以环状 RNA “hsa_circ_0004846”的搜索结果为例：点击“基因组坐标”（genomic position）一列的超链接，会跳转到 UCSC 的基因组浏览器（circbase 内部镜像版）；点击“**转录本”（best transcript）一列的超链接，会跳转到 NCBI 或 Wormbase 中相应的转录本信息页面；点击“基因名”（gene symbol）一列的超链接，会跳转到NCBI 或 Wormbase 中相应的基因信息页面；点击“环状RNA 研究论文”（circRNA study）一列的超链接，会跳转到 PubMed 中相关参考文献的页面。
批量搜索环状 RNA
除了简易的单次搜索以外，circbase 也支持一次性对多个环状 RNA 进行批量搜索。只需点击网站首页上方标签栏当中的“list search”就能进入批量搜索的界面。
批量筛选环状 RNA
如果不知道每个环状 RNA 的详细信息（例如具体的 circRNA ID 名、具体的基因组坐标等），但仍希望进行批量检索，circbase 还支持设定条件来筛选环状 RNA。只需点击网站首页上方标签栏当中的“table browser”就能进入批量筛选的界面。在此界面选定各个筛选条件，随后点击页面下方的“Search”按钮，网站就将返回批量筛选的结果表格。
注意事项
当通过基因组坐标搜索环状 RNA 时，为避免在不同物种之间发生混淆，**在关键词后加上空格+三字母物种名缩写。例如：以“chr14:55168780-55169298 hsa”作为搜索关键词，就能得到人类基因组上的 14 号染色体的55168780-55169298 区域搜索到的环状 RNA 结果。除了用“hsa”表示人类以外，circbase 中的三字母物种名缩写还有：“mms”表示小鼠；“cel”表示秀丽隐杆线虫；“dme”表示黑腹果蝇；“lcm”表示Latimeria chalumnae；“lme”表示 Latimeria menadoensis。 对于下载得到的文本文件，Windows 电脑用户可能会遇到换行格式的不兼容问题（因为 circbase 下载的文件默认采用 Unix-style 的 LF 换行）。如果遇到换行格式问题，circbase 官方建议您使用**的第三方文本编辑器Notepad++ 打开。 对于下载得到的序列文件，circbase 将使用 gzip 对序列文件进行压缩，得到 Unix 系统下默认支持的 tar.gz 格式的压缩包。Windows 电脑用户若遇到无法解压 tar.gz 压缩包的问题，circbase 官方建议您使用**的第三方解压软件 7-Zip 或 Powerarchiver 进行解压。 如果您的搜索结果当中的 circRNA 数量超过一条 ，下载解压后得到的每个 fasta 文件将会包含搜索结果当中同一物种的多条不同 circRNA。
云序生物环状RNA研究优势
portant;overflow-wrap:break-word !important;font-size:14px;color:#337FE5;">云序生物portant;overflow-wrap:break-word !important;">作为国内早期提供环状portant;overflow-wrap:break-word !important;">RNAportant;overflow-wrap:break-word !important;">测序的测序公司，自行建立的环状portant;overflow-wrap:break-word !important;">RNAportant;overflow-wrap:break-word !important;">数据库portant;overflow-wrap:break-word !important;">circDBportant;overflow-wrap:break-word !important;">，凭借物种覆盖广、数据量大、疾病背景多的特点为客户提供**的服务。云序积累了超过portant;overflow-wrap:break-word !important;">10000portant;overflow-wrap:break-word !important;">例环状portant;overflow-wrap:break-word !important;">RNAportant;overflow-wrap:break-word !important;">测序的经验，样本覆盖portant;overflow-wrap:break-word !important;">20portant;overflow-wrap:break-word !important;">多个物种以及portant;overflow-wrap:break-word !important;">50portant;overflow-wrap:break-word !important;">多种疾病。云序生物提供系统性环状portant;overflow-wrap:break-word !important;">RNAportant;overflow-wrap:break-word !important;">服务，从筛选（circRNAportant;overflow-wrap:break-word !important;font-size:14px;color:#337FE5;">测序portant;overflow-wrap:break-word !important;">）到验证（qPCRportant;overflow-wrap:break-word !important;">）再到机制研究（RIPportant;overflow-wrap:break-word !important;color:#337FE5;">、RNA pull-downportant;overflow-wrap:break-word !important;color:#337FE5;">、ChIPportant;overflow-wrap:break-word !important;">）以及上游表观调控（m6Aportant;overflow-wrap:break-word !important;font-size:14px;color:#337FE5;">甲基化portant;overflow-wrap:break-word !important;">等各类portant;overflow-wrap:break-word !important;">RNAportant;overflow-wrap:break-word !important;">修饰研究），***覆盖环状portant;overflow-wrap:break-word !important;">RNAportant;overflow-wrap:break-word !important;">上下游分子机制验证的重要研究环节。除了提供组织和细胞的样本类型测序之外，我们还提供体液、血清血浆、portant;overflow-wrap:break-word !important;font-size:14px;color:#337FE5;">外泌体石蜡样本等特殊样本的测序portant;overflow-wrap:break-word !important;">服务。
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